L'interesse veneziano su Cipro è stato ispirato esclusivamente dal profitto. I veneziani videro Cipro principalmente come base militare. Anticipando il conflitto, intrapresero un ambizioso piano di fortificazione. Famagosta e Nicosia erano circondate da massicci lavori di sterro, rivestiti di pietra. Un muro esterno fu eretto attorno al castello di Kyrenia, il cui vuoto fu riempito di terra per formare un bastione di artiglieria. I migliori architetti militari in Europa furono condotti sull'isola per progettare ed eseguire questi progetti.
I ciprioti erano visti come un popolo da tassare il più possibile. L'isola era ben dotata del legname essenziale per la costruzione navale e costituiva una base ideale da cui i Veneziani potevano dominare gli scambi con l'est. Continuarono a pagare l'omaggio reso a Cipro dai Mamelucchi e, quando questi ultimi furono conquistati dagli Ottomani, il tributo venne reindirizzato a Costantinopoli, sede del potere ottomano dal 1453.

Assumendo la guida dell'Impero ottomano da suo padre, il Sultano Selim II si lamentò ripetutamente con i Veneziani e richiese la fine della pirateria nei mari circostanti Cipro. I Veneziani si rifiutarono di farlo e ignorarono la richiesta del Sultano di avere il pieno controllo dell'isola.

Questi rapporti furono esacerbati dal sequestro veneziano delle navi turche, dall'esecuzione di corsari turchi in violazione di un trattato ottomano-veneziano e dalla presenza continua di pirati maltesi nei porti veneziani che molestavano i pellegrini musulmani e interferivano nel commercio generale. Pertanto, il Sultano decise di intervenire e porre fine a questo stato di cose, nonché di consolidare il controllo ottomano dell'Oriente in generale. Nel 1570, dopo la scadenza di un ultimatum, orde di truppe ottomane sbarcarono a Larnaca, sotto Lala Mustapha Pasha. Nicosia fu assediata e resistette per sei settimane, rifiutando termini di onorevole resa sulle voci di una flotta veneziana in avvicinamento. La città fu alla fine presa d'assalto e saccheggiata e 20.000 abitanti furono massacrati. Kyrenia capitolò senza combattere.

In ottobre, Lila Mustapha Pasha con un esercito di 200.000 uomini iniziò l'assedio di Famagosta. La parte assediata ricevette magri rinforzi nel gennaio 1571, quando la flotta turca ritirò l'ancoraggio invernale, ma dopo dieci mesi la guarnigione fu ridotta a 1500 uomini, mentre 80.000 soldati ottomani erano morti. Il 1° agosto, i termini di capitolazione furono concordati tra il capitano di Famagosta, Marco Antonio Bragadino, e Lala Mustapha Pasha. Tuttavia, una disputa sorse e alcune parole incaute di Bragadino lo portarono ad essere scorticato vivo. Nonostante un'inversione navale a Lepanto, sulla costa adriatica, il 7 ottobre 1571, gli sforzi di Selim ebbero successo e i Veneziani dovettero trattare per la pace.

Più tardi quel mese i funzionari veneziani consegnarono l'isola insieme con 300.000 ducati per la riparazione di guerra.